A linha 2006 do Ford EcoSport conta agora com vários opcionais.

A versão XLS com motor 1.6 Flex ganhou travamento automático da porta do passageiro. Na XLT que possui o mesmo motor, foram acrescentados banco do motorista com ajuste lombar, trava automática das portas do lado do passageiro e CD-Player. Freios antitravamento (ABS) são oferecidos como opcional. A versão XLT 2.0 16V passa a incluir toca-CDs com função MP3 de série.

A versão 4WD, top de linha, conta com aplique para o pára-choque dianteiro, bagageiro, retrovisores, estribos, grade e molduras laterais largas, todos na cor cinza escuro metálico. As versões e os motores disponíveis permanecem.