A linha 2006 do Clio chega ao mercado com algumas mudanças. Entre elas se encontram retoques na carroceria, no interior e principalmente e opção bicombustível para o motor 1,0 16V. O preço do novo modelo é a partir de R$ 29.600,00.

A versão hatch, de duas e quatro portas, ganhou mais 4,4 cm no comprimento, passando de 3,773 metros para 3,817 m. Já o sedã aumentou 4,1 cm, totalizando 4,191 m contra 4,150 m do modelo anterior. Os pára-choques foram redesenhados e pintados da mesma cor da carroceria. O da frente conta com três entradas de ar na parte inferior. O desenho da tampa do porta-malas da versão hatch também sofreu alterações e passa a contar com um vinco em forma de V ao centro, que se estende de um lado ao outro da porta. Destaca-se o sistema de abertura do porta-malas, pois basta apertar um botão ao centro do logotipo da marca para destravar a tampa.

Na parte interna, os revestimentos contam com novos grafismos, assim como os mostradores dos instrumentos (conta-giros, velocidade, nível de combustível e temperatura da água), que incluem acabamento nas cores branco e cinza e ponteiros em vermelho. As molduras das portas ganharam novo desenho e dispõem dos comandos dos vidros elétricos, antes localizados à frente da alavanca de câmbio. O volante de três raios é o mesmo utilizado no Clio europeu. Ainda, o novo propulsor 1,0 16V rende 77 cavalos de potência e 10,2 kgfm de torque, abastecido com álcool, e 76 cv e 10 kgfm, com gasolina.